بحلول خريف عام 1981 قامت الحكومة بحملة اعتقالات واسعة شملت المنظمات الإسلامية ومسئولي الكنيسة القبطية والكتاب والصحفيين ومفكرين يساريين وليبراليين ووصل عدد المعتقلين في السجون المصرية إلى معتقلا وذلك على إثر حدوث بوادر فتن واضطرابات شعبية رافضة للصلح مع إسرائيل ولسياسات الدولة 18.000 الاقتصادية.
وفي 6 أكتوبر 1981 (31 بعد يوم من إعلان قرارات الإعتقال), تم اغتيال السادات في عرض عسكري كان يقام بمناسبة ذكرى حرب أكتوبر, وقام بقيادة عملية الاغتيال خالد الإسلامبولي التابع لمنظمة الجهاد الإسلامي التي كانت تعارض بشدة اتفاقية السلام مع إسرائيل ولم يرق لها حملة القمع المنظمة التي قامت بها الحكومة في شهر سبتمبر. و خلفه في الرئاسة نائب الرئيس محمد حسني مبارك.